В соответствии с Указом Президента Республики Беларусь № 242 от 18 апреля 2006 г. «О создании научно-практических центров Национальной академии наук Беларуси и некоторых мерах по осуществлению научной деятельности» институт вошел в состав Республиканского унитарного предприятия «Научно-практический центр Национальной академии наук по картофелеводству и плодоовощеводству» с новым названием - Республиканское научно-производственное дочернее унитарное предприятие «Институт плодоводства» (РУП «Институт плодоводства») и новой редакцией устава, утвержденной НПЦ НАН Беларуси по картофелеводству и плодоовощеводству № 231 от 03 октября 2006 г. и зарегистрированной решением Минского облисполкома 11.12.2006 г. № 1215.